Rostlinstvo a zvířena
Přibližně 2/3 území Japonska pokrývají lesy a na několika místech se uchoval i původní pralesovitý porost. Bambusové lesy sahající svým severním okrajem až k Tokiu poskytují užitkové dřevo a bambusové výhonky se používají jako zelenina. Višňové stromy sakury, tolik ceněné pro své květy, se vysazují po celé zemi a v horách rostou i divoce. V Japonsku se rozlišuje pět vegetačních pásem. Rjúkjú, Boninské souostroví a Vulkánové ostrovy, nejjižnější oblast sahající až k obratníku Raka, je pokryta subtropickými deštnými lesy, ve kterých najdeme kafrovníky, stromové kapradě a morušovníky. Druhá vegetační formace subtropické zóny začíná na svazích jihozápadních ostrovů více než 2000 let starými japonskými cedry. Táhne od ostrova Jakušima přes Kjúšú, na kterých sahá až do výšky 1000 metrů až za střední Honšú, kde klesá k hladině moře.
Listnaté a smíšené lesy tvoří třetí zónu, která sahá na Šikoku do výše 2000 metrů. Typickými stromy jsou buk, břízy, kacura a dub. Čtvrtá zóna tvořená hlavně jehličnatými severskými lesy začíná v místech, kde průměrná roční teplota klesá pod 6 °C, tedy zejména na horách středního Honšú a na jihozápadě Hokkaida. Mezi stromy severských lesů najdeme sachalinský smrk, sachalinskou jedli a jedli modrou. V nejvyšších polohách hor přecházejí tyto lesy v pátou zónu charakteristickou křovisky, plazivou borovicí a alpskou vegetací.
V zalesněných horách ve vnitrozemí žije široká paleta zvěře. Od divokých prasat přes medvědy a divoké psy lovící zajíce, srnce a antilopy až po opice. Japonský makak představuje nejsevernější rozšíření opice na světě. Vyskytuje se zde i mnoho druhů ještěrek, želv a hadů, včetně jedovatých jako jsou mořská krajta a druhy habu a mamuši.
Velemlok japonský žijící na Honšú a Kjúšú může dosahovat délky více než 1,5 metru. Japonsko je též velmi bohaté na různé druhy hmyzu, a sladkovodních ryb. Na celém území je hojně rozšířeno ptactvo, jen zpěvavých, ptáků je zhruba 150 druhů. Typické vodní druhy zastupují albatrosi, buřňáci a kormoráni. Vody východně od mysu Inubo patří k nejbohatším lovištím světa, zejména tresek, lososů a korýšů.