Povrch
Všechny japonské ostrovy jsou převážně sopečného původu a velmi hornaté. Nejsevernějším ze čtyř hlavních ostrovů je Hokkaidó. Horská pásma jej prostupují od severu (pohoří Kitami), přes centrální Išikari se sopkami přesahujícími 2000 m k jihu (Hidaka). Třetí horské pásmo vyplňuje poloostrov na západě a je od ostatních odděleno nížinou protékanou nejdelší japonskou řekou Išikari.
Na jih od Hokkaida, za Cugarským průlivem, se rozkládá Honšú – největší a nejlidnatější ze všech ostrovů. Od severu se středem táhne pohoří Óu, podél pacifického pobřeží hřeben Kitakami – pokračování horského pásma z ostrova Hokkaidó. Centrální část Honšú vyplňuje složitý systém pohoří souhrnně nazývaný Japonské Alpy. Poblíž jižního pobřeží západně od Tokia se tyčí osamocená sopka a nejvyšší hora Japonska Fudži (3776 m). Jihovýchodně od centra Japonských Alp se na ploše zhruba 13 000 km2 rozprostírá největší japonská nížina Kantó. V její jižní části, při Tokijském zálivu, leží hlavní město Tokio.
Na západ od centrálního horského systému se rozkládá menší nížina Nóbi, která obklopuje město Nagoju ležící na pobřeží k severu hluboce zabíhajícího zálivu Ise. Bále odtud na západ se nachází největší japonské jezero Biwa. Většinu k západu se zužujícího ostrova vyplňuje pohoří Čúgoku. Úzká pobřežní nížina na jeho jižní straně lemuje tzv. Vnitřní moře se stovkami malých ostrovů, oddělující západní Honšú od ostrova Šikoku s horami dosahujícími téměř 2000 m. Na jih od jezera Biwa vybíhá široký a hornatý poloostrov Kii. Na jeho západním pobřeží při Osackém zálivu leží druhá největší konurbace Japonska Ósaka-Kjóto-Kóbe.
Nejzápadnější ostrov, Kjúšú s velmi členitým západním pobřežím, je oddělen na severu od Honšú úžinou Simonoseki a na východě od Sikoku průlivem Bungo. Vulkanické masivy ve středu ostrova jsou již nižší, nejvyšší vrcholky překračují 1700 m. Na jih od Kjúšú vyčnívá z moře řada aktivních vulkánů.
Japonsko představuje seismicky velmi aktivní oblast, postihovanou desítkami zemětřesení ročně i častými erupcemi sopek. Eviduje se minimálně 60 činných sopek. Nejaktivnější zóna je na jižním Kjúšú, další pak na severním a středním Honšú. K ničivým katastrofálním zemětřesením dochází v průměru jednou za pět let.
Na ostrovech je mnoho řek, ale většinou jde o krátké dravé toky odvodňující poměrně malá území. Na jaře jsou napájeny tajícím sněhem a firnem z hor, v létě pak monzunovými srážkami. Častým jevem v nížinných oblastech jsou záplavy.
